کمبود عناصر غذایی در گیاهان ناشی از موارد زیر است:
کمبود واقعی: کمبود عناصر غذایی در خاک و یا وجود ترکیب شیمیایی غیر قابل جذب آن برای گیاه.
کمبود دروغین: کمبود عناصر غذایی به علت ایجاد شرایط خاص در محیط کشت.
در این حالت (کمبود دروغین) با اینکه مقدار مواد مغذی در خاک موجود است ولی ریشه‌ها قادر به جذب عناصر موجود در خاک نمی‌باشند بعلل موارد زیر:
1- سرد بودن خاک: در این حالت پتاسیم موجود در خاک جذب ریشه نمی‌شود.
2- غرقابی بودن خاک: آهن، مس و کلسیم در خاک غرقابی جذب نمی‌شوند. بعنوان مثال آبیاری پی در پی در خاک، شرایط احیاء و اکسیداسیون در خاک را فعال نموده و عناصری مثل آهن و منگنز به خاطر اکسیده شدن غیر قابل جذب می‌گردند.
3- اسیدیته (pH) نامناسب: در خاکهای خیلی اسیدی، منگنز و روی و در خاکهای قلیایی آهن، منیزیم و بُر جذب نمی‌شود.
4- اثر متقابل و منفی عناصر نسبت به یکدیگر: در این حالت حضور یک عنصر باعث عدم جذب عنصر دیگر می‌شود. مثلاً حضور پتاسیم بیش از حد باعث کمبود منیزیم می‌شود و یا حضور بیش از حد ازت باعث رشد سبزینه‌ای گیاه شده و تعادل مصرف برخی عناصر مورد نیاز در گیاه را به هم میزند.
5- شستشوی خاک: بویژه در خاکهای سبک که باعث کمبود عناصر محلول در خاک مثل ازت و منیزیم می‌شود. در شرایط اسیدی خاک، این حلالیت برای آهن و کلسیم بروز کرده و شسته می‌شوند و در شرایط قلیایی شستشوی پتاسیم اتفاق می‌افتد.
6- فشرده شدن خاک: با فشرده شدن خاک و عدم تبادلات گازی در خاک، گاز دی اکسید کربن محبوس شده و با کربناتهای خاک تشکیل بی‌کربنات داده و رسوب کلسیم می‌دهد و شرایط قلیایی ایجاد شده در خاک، منجر به کمبود برخی عناصر می‌شود.
7- مصرف کود حیوانی نپوسیده: در ابتدا باعث می‌شود تا ازت موجود در خاک صرف پوسیدن کود شده و در نتیجه گیاه با کمبود ازت مواجه شود و از طرفی با مصرف کود حیوانی، میزان بعضی از عناصر، در خاک چندین برابر افزایش یافته و منجر به کمبود جذب دیگر عناصر موجود در خاک می‌شود.
8- استفاده از کودهای شیمیایی پر مصرف و عدم کاربرد کودهای شیمیایی کم مصرف: منجر به کمبود آنها در خاک شده که لزوم یک مدیریت صحیح در مصرف کودهای پر مصرف و کم مصرف در خاک ضروری به نظر میرسد.
9- خشکی و تبخیر بیش از حد از سطح خاک: برخی نمک‌های محلول مثل کلرور پتاسیم و سدیم و کمی هم کلسیم و منیزیم و یا ترکیبات نیترات به سطح خاک آمده و در نتیجۀ (شوری) جذب این عناصر برای ریشه امکان پذیر نمی‌باشد.